Наукова діяльність університету здійснюється відповідно до законодавства України у сфері наукової і науково-технічної діяльності, Стратегії розвитку університету, а також пріоритетних напрямів розвитку науки та інновацій.
Науково-дослідна робота спрямована на забезпечення інтеграції науки й освіти, розвиток наукового потенціалу університету, підвищення якості освітнього процесу, а також на формування та підтримку дослідницького середовища, орієнтованого на вирішення актуальних наукових, соціальних і прикладних проблем.
Наукові підрозділи університету проводять наукові дослідження за основними напрямами наукової (науково-технічної) діяльності, зокрема: суспільним, природничо-математичним, гуманітарно-мистецьким, аграрно-ветеринарним, біомедичним та інженерно-технологічним.
У 2025 році університет проходив державну атестацію наукових установ та закладів вищої освіти в частині провадження наукової (науково-технічної) діяльності за напрямами «Природничо-математичний» та «Гуманітарно-мистецький». За результатами державної атестації в частині провадження наукової діяльності за науковим напрямом «Природничо-математичний» університет віднесено до групи Г та за напрямом «Гуманітарно-мистецький» університет віднесено до групи Б.
ПОЛОЖЕННЯ про наукові школи Національного університету «Чернігівський колегіум» імені Т. Г. Шевченка
Перелік штатних науково-педагогічних та наукових працівників, які працюють за основним місцем роботи не менше шести місяців і мають не менше п’яти наукових публікацій у періодичних виданнях, які на час публікації було включено до наукометричних баз Scopus, або Web of Science Core Collection